يدعو الباحثون إلى دعم البيانات في السحابة لتسهيل أبحاث الجينوم

Age of the Hybrids Timothy Alberino Justen Faull Josh Peck Gonz Shimura - Multi Language (يوليو 2019).

Anonim

واليوم في مجلة Nature ، قام باحثون بارزون من كندا وأوروبا والولايات المتحدة بدعوة قوية لوكالات التمويل الرئيسية ، مطالبين إياهم بالالتزام بتأسيس شركة عالمية للبيانات الجينية في السحابة يمكن الوصول إليها بسهولة من قبل الباحثين المعتمدين في جميع أنحاء العالم.

وهذا من شأنه زيادة الوصول إلى البيانات للباحثين ، وتقليل الوقت والتكلفة المرتبطة بنقل وتخزين البيانات على الخوادم المحلية ، وتسريع أبحاث الجينوم في جميع أنحاء العالم. لقد ثبت أن تخزين البيانات في السحاب آمن ، إن لم يكن أكثر أمانًا ، من تخزينه محليًا.

من خلال الاتصال الجامعي النموذجي ، يمكن أن يستغرق الأمر شهوراً لتنزيل مجموعات البيانات من المشاريع الدولية الكبرى مثل International Gener Consortium (ICGC) ، كما أن تكاليف الأجهزة المرتبطة بتخزين ومعالجة هذه البيانات يمكن أن تكون باهظة الثمن.

باستخدام الحوسبة السحابية ، يمكن تنفيذ مجموعة بيانات من مشروع جينوم كبير في غضون أيام وبجزء صغير من السعر.

يقترح المؤلفون أن تطلب وكالات التمويل تحميل مجموعات البيانات الرئيسية في السحابة وأن تدفع مقابل تخزينها على المدى الطويل. لن تحتاج البيانات إلى نسخها إلا مرة واحدة ، ولن يضطر الباحثون إلا إلى دفع تكاليف التخزين المؤقت أثناء إجراء التحليل. لن يتم توفير الوصول إلا للباحثين المعتمدين.

وقال الدكتور لينكولن شتاين ، مدير إدارة الأبحاث: "في الوقت الحالي ، يتم إنفاق الكثير من الوقت والمال الثمين من قبل الباحثين الذين ينقلون البيانات من مستودع إلى خادمهم المفضل ، بدلاً من الاستفادة من خدمات البيانات العالمية بسهولة وبأسعار رخيصة كلما احتاجوا لذلك". برنامج المعلوماتية والحوسبة الحيوية في معهد أونتاريو لأبحاث السرطان ، قائد مركز تنسيق بيانات ICGC في تورنتو والمؤلف الرئيسي في الصحيفة. "نحن نشجع على استثمار أكبر في السحابة من أجل استخدام الأموال العامة بشكل أكثر فعالية وللمساعدة في تسريع وتيرة أبحاث الجينوم."

قال الدكتور بارثا كنوبيرز ، مدير مركز علم الجينوميات والسياسة بجامعة ماكجيل: "إن وجود إجراءات دخول معتمدة تضمن احترام رغبات الجهات المانحة للبيانات ، بما في ذلك استخدام بياناتها بشكل آمن ومأمون". "يعد تطبيق إطار المشاركة المسؤولة للبيانات الجينومية والصحية خطوة أولى في تفعيل حق الإنسان للمواطنين في الاستفادة من التقدم العلمي والعلماء ليتم الاعتراف بهم في عملهم".

يقول الدكتور بيتر كامبل ، رئيس قسم الجينوميات السرطانية في معهد ويلكوم ترست سانجر: "إن تعقيد البيولوجيا السرطانية يعني أننا بحاجة إلى مجموعات ضخمة من البيانات - في الأساس ، كلما كان ذلك أفضل". "لقد وصلنا الآن إلى مرحلة تكون فيها مجموعات البيانات هذه كبيرة للغاية بحيث لا يمكن تحريكها - توفر لنا الحوسبة السحابية المرونة في الاحتفاظ بالبيانات في موقع افتراضي واحد وإطلاق العنان لباحثي العالم حولها جميعًا".

وقال الدكتور جاد جيتس ، مدير "جينوم كومبنوت كومبوتيتال": "إن كمية البيانات الجينومية تنمو بمعدل مذهل. وسيؤدي نقل البيانات وأدوات التحليل إلى السحابة إلى ديمقراطية الوصول إلى البيانات وإلى الموارد الحاسوبية اللازمة لتحليل تلك البيانات". مجموعة تحليل في معهد واسع من معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا وجامعة هارفارد. "إن التوسع في الوصول سيزيد من سرعة تطوير الأدوات ، ويزيد عدد الباحثين الذين يقومون بتحليل مجموعات البيانات الغنية هذه ، ويزيد في نهاية المطاف من سرعة الاكتشافات العلمية. وستتيح منصات التحليل القائمة على السحابة أيضًا اختبار نماذج حوسبة موزعة جديدة توسع نطاق تحليلات وتطور الخوارزميات الحاسوبية ، ونحن الآن بصدد إنشاء نموذج تجريبي لهذه المنصة السحابية. "

وقال الدكتور جان كوربيل ، رئيس المجموعة في المختبر الأوروبي للبيولوجيا الجزيئية: "إن إنشاء أطر الحوسبة السحابية القوية الجديدة التي تمكننا من تخزين البيانات وتبادلها وتحليلها عبر الحدود سيفتح منظورات جديدة في أبحاث السرطان". "ستأخذ هذه في الاعتبار التطورات في العلوم والسياسات المتعلقة بتوزيع ومشاركة مجموعات البيانات على أنها حساسة مثل البيانات الوراثية للمرضى بما يضمن بيئة آمنة تخدم مصالح كل من الجهات المانحة للعيان والباحثين."

ترتبط الحوسبة السحابية على نطاق واسع بالمنتجات الاستهلاكية ، مثل تخزين الموسيقى أو الصور أو تحرير الوثائق في الوقت الفعلي. لكن في الواقع يتم إجراء قدر كبير من الأبحاث في السحابة ، بأمان وأمان. الحوسبة السحابية هي مورد مشترك ، مما يتيح للباحثين الوصول إلى التخزين والقدرة الحاسوبية عند الحاجة ، بدلاً من استثمار طويل الأجل في البنية التحتية للكمبيوتر. هذا أيضا يزيد من استخدام البنية التحتية حيث يمكن استخدامها من قبل العديد من الباحثين بدلا من واحد فقط.